Neue Publikation und wissenschaftlicher Erfolg: BioMatics 1.0, der erste in der Türkei entwickelte Algorithmus für multiples Sequenzalignment
Der unter der Leitung von Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber, Leiterin des Fachbereichs Informatik, entwickelte BioMatics 1.0 wurde als erster in der Türkei entwickelter Algorithmus für multiples Sequenzalignment (Multiple Sequence Alignment – MSA) in die internationale wissenschaftliche Literatur aufgenommen.
Die von Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber, Yusuf Emre Ari, Yildiray Efe Berberoglu und Prof. Dr. Vladimir N. Uversky durchgeführte Studie mit dem Titel „BioMatics 1.0: A Wasserstein Distance Approach for Next-Generation Multiple Sequence Alignment“ wurde in der internationalen Fachzeitschrift Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics veröffentlicht.
BioMatics 1.0 bietet einen neuen Ansatz für das multiple Sequenzalignment, das eine zentrale Rolle bei der Untersuchung evolutionärer Beziehungen sowie der Strukturen und Funktionen von Proteinen spielt. Im Unterschied zu herkömmlichen, punktebasierten Verfahren verwendet der Algorithmus Prinzipien des optimalen Transports und die Wasserstein-Distanz. Darüber hinaus kommen entropieadaptive Gap-Penalties zum Einsatz, um die Alignment-Genauigkeit in variablen und schwach konservierten Bereichen zu verbessern.
Vergleichende Benchmark-Tests zeigen, dass BioMatics 1.0 bei der Column-Score-(CS)-Genauigkeit bessere Ergebnisse als weit verbreitete Verfahren für multiples Sequenzalignment erzielt und zugleich beim Sum-of-Pairs Score (SPS) eine konkurrenzfähige Leistung erreicht.
Wir gratulieren unserer Fachbereichsleiterin Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber und dem Forschungsteam herzlich zu diesem bedeutenden wissenschaftlichen Erfolg.
Weitere Informationen zur Studie finden Sie unter folgendem Link:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.70158
