Yeni Yayın ve Bilimsel Başarı: Türkiye’nin İlk Çoklu Dizi Hizalama Algoritması BioMatics 1.0
Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkanımız Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber öncülüğünde geliştirilen BioMatics 1.0, Türkiye’nin ilk çoklu dizi hizalama (Multiple Sequence Alignment – MSA) algoritması olarak uluslararası bilim literatürüne kazandırıldı.
Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber, Yusuf Emre Arı, Yıldıray Efe Berberoğlu ve Prof. Dr. Vladimir N. Uversky tarafından gerçekleştirilen “BioMatics 1.0: A Wasserstein Distance Approach for Next-Generation Multiple Sequence Alignment” başlıklı çalışma, uluslararası Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics dergisinde yayımlandı.
Proteinlerin evrimsel ilişkilerinin, yapılarının ve işlevlerinin incelenmesinde temel öneme sahip çoklu dizi hizalama problemine yeni bir yaklaşım sunan BioMatics 1.0, geleneksel skor tabanlı yöntemlerden farklı olarak optimal taşıma prensiplerinden ve Wasserstein mesafesinden yararlanmaktadır. Algoritma ayrıca değişken ve düşük korunmuş bölgelerde hizalama doğruluğunu artırmak amacıyla entropiye uyarlanabilir boşluk cezaları kullanmaktadır.
Gerçekleştirilen karşılaştırmalı testlerde BioMatics 1.0’ın yaygın olarak kullanılan çoklu dizi hizalama araçlarına karşı Column Score (CS) doğruluğunda üstün sonuçlar verdiği ve Sum-of-Pairs Score (SPS) bakımından rekabetçi performans gösterdiği ortaya konmuştur.
Bölüm Başkanımız Prof. Dr. Orkide Coşkuner Weber’i ve araştırma ekibini bu önemli bilimsel başarılarından dolayı tebrik ediyoruz.
Çalışmanın detaylarına aşağıdaki bağlantı üzerinden ulaşabilirsiniz:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.70158
